A Skoda Motorsport mérnökei egy teljesen új erőforrást fejlesztettek ki a Fabia RS Rally2 számára. Az autóval együtt a motor is bizonyított, a Monte-Carlo Rallyn gyorsak voltak az új Skodák.
Az új motor a jól ismert EA888 kódú motorcsalád 2.0 TSI motorján alapul, amelyet többek között az Octaviában és a Kodiaq RS-ben használnak. A Rally2-ben kötelező széria alapokra épített motort használni, ezek maximum 1620 köbcentiméteres négyhengeres erőforrások lehetnek és a 32 milliméteres szűkítő is előírás.
Az új Fabia kihasználja a maximális hengerűrtartalomra vonatkozó szabályokat, a vadonatúj motor pontosan 1620 köbcentiméteres, négyhengeres. Természetesen jelentős módosításokon esett át a négyhengeres, új dugattyúk, hajtórudak, változó szelepvezérlés, kipufogórendszer, módosított kenési és hűtési kör, és még számtalan fejlesztés történt. Az égési folyamat sokkal hatékonyabb lett, és a fő javulás az elődhöz képest a lényegesen gyorsabb gázreakció és a jobb nyomatékleadás. A maximális teljesítmény 289 lóerő, 430 Nm maximális nyomatékkal. A váltó szekvenciális ötfokozatú és két mechanikus önzáró differenciálmű került a hajtásláncba. A Fabia RS Rally2 rendelkezik ugyan tengelykapcsoló-pedállal, de ez csak indításkor, parkoláskor vagy lassú tempónál használható. A legjobb gyorsulás miatt az autó viszonylag rövid áttételeket kapott, de így is eléri a 200 km/órás végsebességet.
Az üzemanyag tartály 82,5 literes, ütésálló gumiból készült. Habtöltése megakadályozza, hogy az üzemanyag kifolyjon, és lelassítja az üzemanyag égését tűz esetén. A tartályt karbon/kevlár kompozit burkolat és egy nedvszívó réteg is védi az alulról érkező ütések ellen. Szintén újdonság a 100 százalékban fenntartható benzin, amely fejlett szintetikus és megújuló összetevőkből áll. Ez egy fenntartható üzemanyag, amely biohulladékból és szintetikus e-üzemanyagból származik. Gyártásához többek között „zöld” hidrogént és levegőből és ipari folyamatokból nyert CO2-t használnak. Az üzemanyagot laboratóriumban állítják elő fosszilis tüzelőanyag-komponensek hozzákeverése nélkül.
